В сентябре 1999 года был включен в общефедеральный список избирательного блока «Союз правых сил» (№ 5 в Центральной части списка) для участия в выборах в Государственной думы РФ третьего созыва. С октября 1999 года по март 2000 года — член политсовета избирательного блока «Союз правых сил» (СПС). Возглавлял московский областной штаб СПС по выборам в Госдуму.
19 декабря 1999 года был избран депутатом Государственной думы третьего созыва по общефедеральному списку избирательного блока «Союз правых сил» (СПС). В Государственной Думе в январе 2000 года зарегистрировался в депутатской фракции «Союз правых сил», являлся заместителем председателя фракции[2].
С 28 января 2000 года — член Комитета Государственной Думы по государственному строительству. С 10 марта 2000 — член постоянной Комиссии Государственной Думы по изучению практики применения избирательного законодательства РФ при подготовке выборов и референдумов в РФ.
В мае 2000 года представил в Государственную Думу законопроект «Об ответственности высших должностных лиц субъектов Федерации за нарушение федерального законодательства», разработанный в 1998 году. Законопроект был направлен на формирование в России новой системы управления регионами, при которой федеральные полномочия в субъектах федерации исполняли бы не региональные чиновники, а федеральные. Законопроект предусматривал назначение генерал-губернаторов, реформу формирования Совета Федерации РФ.
23 мая 2000 года был избран заместителем председателя фракции СПС в Государственной Думе вместо Бориса Немцова, ставшего председателем фракции.
В январе 2001 года предложил на утверждение Государственной Думе собственный вариант текста Гимна России, взяв за основу текст Гимна СССР Сергея Михалкова и поменяв в нём всего 8 слов.
В марте 2001 внес около 100 поправок к законопроекту «О политических партиях» в профильный комитет Госдумы. Основные поправки — отмена госфинансирования партий и усложнение порядка ликвидации партий.
В марте 2001 года подписал от имени СПС соглашение о создании коалиции между СПС и «Яблоком» «Новое Подмосковье», нацеленной на выборы в Московскую областную Думу в декабре 2001. Документ подписали также Владимир Лукин и Михаил Мень.
В марте 2001 года направил в Комитет ГД по делам общественных организаций около 100 поправок к законопроекту «О политических партиях». В первую очередь, по словам Надеждина, необходимо устранить как таковой институт финансирования партий из госбюджета, который является «безнравственным и бессмысленным».
В июле 2001 года Надеждина избрали председателем подмосковного отделения СПС. Комментируя это событие, «Независимая газета» отмечала: «Не секрет, что Надеждин является одним из самых близких к Немцову людей, и теперь одна из самых многочисленных партийных структур фактически будет находиться под его личным контролем».
В 2002 году, после того как Государственная дума отказалась создать парламентскую комиссию для расследования обстоятельств теракта в московском театральном центре на Дубровке, «Союз правых сил» создал свою общественную комиссию. Однако, как отмечали «Новые Известия», комиссия добросовестно перечислила по пунктам все то, о чем журналисты сообщали с первых же часов после штурма, и не ответила на главный вопрос — кто виновен за проникновение в Москву отряда террористов. «Вы же понимаете, что об этом приходилось спрашивать у представителей спецслужб и правоохранительных органов. А они на контакты не шли», — объяснил ситуацию Надеждин
Партийная карьера
В декабре 2003 года Надеждин баллотировался на выборах в Госдуму от 109-го Мытищинского округа Подмосковья. Выборы проиграл, уступив бывшему командующему Московского округа внутренних войск Аркадию Баскаеву (Народная партия). Одновременно партия СПС, в которой состоял Надеждин, проиграла думские выборы. В то же время были проведены выборы в Долгопрудненский совет депутатов, на котором блок «Город Надежды» под патронажем Надеждина также проиграл — ни один кандидат блока в совет не попал
В 2004 году Надеждин вернулся к преподавательской работе в МФТИ.
В августе 2005 года был членом инициативной группы по выдвижению экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского в депутаты Госдумы на довыборах по 201-му Университетскому округу Москвы. Выдвижение не состоялось из-за вступления в силу приговора по первому делу ЮКОСа.
В марте 2007 года Надеждин выступил одним из кандидатов от СПС на выборах в Московскую областную думу. Согласно объявленным облизбиркомом результатам, партия выборы проиграла, однако сам политик заявил, что, по его данным, СПС семипроцентный барьер преодолел: «Цифра 7,08 процента висела на сайте Центризбиркома, и ее даже показывали по ТВ, а потом избирком объявляет, что у нас 6,9 процента. Эту разницу у нас просто украли!». В подтасовке (по утверждению Надеждина, результаты были скорректированы в пользу «Единой России») он обвинил вице-губернатора Подмосковья Алексея Пантелеева
В 2007 году партия СПС снова проиграла думские выборы.
C 6 ноября 2008 года по 2011 год — член Федерального политического совета партии «Правое дело»[2][5].
В 2011 году отказался входить в первую тройку федерального предвыборного списка партии «Правое дело» на думских выборах, но возглавил список партии на выборах в Московскую областную думу.
26 декабря 2011 года покинул партию «Правое дело», своё решение он объяснил желанием принять участие в создании новой правой партии вместе с бывшим главой Министерства финансов РФ Алексеем Кудриным.
В феврале 2012 года Надеждин отправил в предвыборные штабы всех кандидатов на пост президента (в том числе — В. В. Путина) предложение стать доверенным лицом. Доверенным лицом Путина ему стать не удалось, однако он стал наблюдателем от Путина. В середине февраля 2012 года был зарегистрирован в качестве доверенного лица Сергея Миронова.
10 декабря 2015 года на заседании либеральной платформы партии «Единая Россия» объявил о желании участвовать в её праймериз для участия в выборах в Госдуму осенью 2016 года, выдвинувшись по 118-му Дмитровскому одномандатному округу. Подобное решение вызвало критику со стороны его политических коллег по либеральному лагерю.
28 мая 2016 года избран председателем московского отделения Партии Роста.
Семья и увлечения
Жена — Наталия Надеждина
Имеет 4 детей